El padre Greg Pilkington, recién asignado a la parroquia de Santa María en el centro de Liverpool, se sorprende al descubrir que el padre Matthew Thomas mantiene una relación sexual con el ama de llaves de la rectoría, Maria Kerrigan. Además, el padre Thomas es un radical de izquierdas y un abierto defensor de la Teología de la Liberación, lo que le lleva a constantes enfrentamientos y discusiones con el obispo, que sin embargo aprecia sus habilidades.

Mientras que el conservadurismo tradicional y las creencias religiosas del joven protagonista se ven ofendidas por el flagrante desprecio del sacerdote mayor por su voto de celibato, él lucha con sus propios impulsos homosexuales, especialmente después de conocer a un hombre llamado Graham en un local gay y ambos se embarcan en una relación física.

Mientras tanto, la estudiante Lisa Unsworth le ha confiado que ha sufrido abusos sexuales por parte de su padre, quien confirma su historia y no muestra ninguna culpa ni deseo de dejar de hacerlo. Sin embargo, ambos han revelado su secreto en el confesionario, por lo que el padre Greg debe honrar la santidad del sacramento de la penitencia y no revelar lo que le han contado. Intenta advertir a su madre que la vigile de cerca, pero la ingenua mujer cree que su hija está a salvo mientras esté al cuidado de su marido.

Cuando la señora Unsworth descubre a su marido abusando de Lisa y se da cuenta de que el sacerdote sabía lo que estaba ocurriendo, arremete contra él. A su tormento se suma su detención por mantener relaciones sexuales con Graham en un coche aparcado. Se declara culpable de los cargos, y el hecho de que sea un sacerdote católico se convierte en una noticia sensacionalista. La historia aparece en la primera página del periódico local y, incapaz de enfrentarse a sus feligreses, el padre Greg se traslada a una remota parroquia rural dirigida por un sacerdote desaprobador e implacable. El padre Matthew le convence para que vuelva a St. Mary, y ambos presiden una misa que se ve interrumpida por las ruidosas protestas de la gente que se opone a la presencia del padre Greg en el altar. El padre Matthew les exige que abandonen la iglesia. Los dos sacerdotes comienzan entonces a distribuir la Eucaristía, pero los feligreses restantes ignoran al padre Greg y hacen cola para recibir la comunión del padre Matthew. Lisa finalmente se acerca al sacerdote más joven, y los dos caen en los brazos del otro, sollozando.