En un barco abandonado en Devil's Bayou, Luisiana, una joven huérfana llamada Penny deja caer al río un mensaje en una botella que contiene una petición de ayuda. La Sociedad de Ayuda al Rescate, una organización internacional de ratones dentro de las Naciones Unidas, encuentra la botella cuando aparece en la ciudad de Nueva York. La representante húngara, la señorita Bianca, se ofrece como voluntaria para aceptar el caso y elige a Bernard, un conserje tartamudo, como su coagente. Los dos visitan el orfanato Morningside, donde vivía Penny, y conocen a un viejo gato llamado Rufus. Éste les habla de una mujer sospechosa llamada Madame Medusa que una vez trató de atraer a Penny a su coche y que puede haber conseguido secuestrar a Penny esta vez.

Los ratones viajan a la casa de empeño de Medusa, donde descubren que ella y su socio, el Sr. Snoops, están en una búsqueda del diamante más grande del mundo, el Ojo del Diablo. Los ratones se enteran de que Medusa y Snoops se encuentran en el Pantano del Diablo con Penny, a quien han secuestrado y puesto bajo la vigilancia de dos cocodrilos entrenados, Brutus y Nero. Con la ayuda de un albatros llamado Orville y una libélula llamada Evinrude, los ratones siguen a Medusa hasta el pantano. Allí, se enteran de que Medusa planea obligar a Penny a entrar en un pequeño agujero que conduce a una cueva de piratas donde se encuentra el Ojo del Diablo.

Bernard y Bianca encuentran a Penny e idean un plan de escape. Envían a Evinrude a alertar a los animales del lugar, que detestan a Medusa, pero Evinrude se retrasa cuando se ve obligado a refugiarse en una bandada de murciélagos. A la mañana siguiente, Medusa y Snoops envían a Penny a la cueva para que encuentre la gema. Sin que Medusa lo sepa, Bianca y Bernard están escondidos en el bolsillo de la falda de Penny. Los tres pronto encuentran el Ojo del Diablo dentro de una calavera pirata. Mientras Penny abre la boca con una espada, los ratones empujan la gema a través de ella, pero pronto la marea oceánica sube e inunda la cueva. Los tres consiguen a duras penas recuperar el diamante y escapar.

Medusa traiciona a Snoops y esconde el diamante en el oso de peluche de Penny mientras los retiene a los dos a punta de pistola. Cuando tropieza con un cable colocado como trampa por Bernard y Bianca, Medusa pierde el oso y el diamante con Penny, que huye con ellos. Los animales del lugar llegan al barco y ayudan a Bernard y Bianca a atrapar a Brutus y Nero, y luego activan los fuegos artificiales del Sr. Snoops para crear más caos. Mientras tanto, Penny y los ratones se apoderan del móvil del pantano de Medusa, un bote neumático improvisado. Medusa los persigue sin éxito, utilizando a Brutus y Nero como esquís acuáticos. Cuando el barco se hunde por los daños causados por los fuegos artificiales, Medusa se estrella y se queda aferrada a las chimeneas del barco mientras el Sr. Snoops escapa en una balsa y se ríe de ella, mientras los irritados Brutus y Nero se vuelven contra ella y dan vueltas abajo.

De vuelta a la ciudad de Nueva York, la Sociedad de Ayuda al Rescate ve un reportaje sobre cómo Penny encontró el Ojo del Diablo, que ha sido entregado a la Institución Smithsoniana, y cómo Penny ha sido adoptada. La reunión se interrumpe cuando Evinrude llega con una petición de ayuda, enviando a Bernard y Bianca a una nueva aventura.