Preocupada por las dos zarigüeyas Crash y Eddie, Ellie, su hermana mamut lanudo, los llama, pero ellos no escuchan, llamándose zarigüeyas independientes. Accidentalmente provocan una avalancha y destruyen el campamento de verano de la pandilla. Manny, el marido de Ellie, se enfada con Crash y Eddie por toda la destrucción que han causado. Sintiéndose culpables, Crash y Eddie se escabullen y abandonan el nuevo campamento. Enfadada con Manny, Ellie insiste en que salgan a buscarlos. Crash y Eddie tropiezan con la entrada al Mundo Perdido, una tierra llena de dinosaurios, y rápidamente se meten en problemas con dos raptores que intentan comérselos. Al huir, se encuentran con Buck Wild, que les ayuda a escapar y les dice que un dinosaurio llamado Orson, un dinosaurio que tiene un gran cerebro, ha escapado del exilio y ha llegado a gobernar el Mundo Perdido. Wild intenta que Crash y Eddie vuelvan a su casa, pero descubre que una roca está tapando la entrada al Mundo Perdido. Orson aparece y dice que ha sellado la salida.

Buck y las zarigüeyas escapan y van al escondite de Buck, donde éste les explica cómo solía formar parte de un antiguo escuadrón que estableció el abrevadero para que los animales coexistieran pacíficamente. Continúa diciendo que Orson no aceptó unirse a su escuadrón, porque creía en un mundo donde los fuertes dominan a los débiles siendo él el gobernante de todos ellos. Buck explica además que, como su escuadrón se interponía en el camino de Orson, éste trató de deshacerse de ellos, pero lo derrotaron, desterrándolo al exilio en la Isla de la Lava. Sin que nadie sepa cómo escapó, Orson descubre que puede controlar a dos rapaces de la isla con fuego.

Más tarde, los dos raptores encuentran el escondite de Buck, pero Zee, que formaba parte del antiguo escuadrón de Buck, los salva utilizando un gas para dejar fuera de combate a los raptores. Orson, viendo que dos raptores no son suficientes para capturar a Buck, planea encontrar más ayuda. Orson y su nuevo ejército de rapaces atacan los pozos de agua mientras Buck y Zee les dicen a los animales que se vayan de allí. Buck y Zee, tensos el uno con el otro tras la ruptura del escuadrón, se dirigen a buscar ayuda junto con las zarigüeyas. Llegan a Lost Lagoon y convocan a su vieja amiga Momma T-rex. Mientras Momma T está noqueada por un dolor de muelas que le sacan, Orson y sus rapaces llegan y los atacan. Buck y Zee se perdonan mutuamente por la ruptura de la antigua banda y acuerdan trabajar juntos. Actuando como distracción, Buck es capturado por Orson, lo que permite a los otros escapar.

Tratando de averiguar cómo Orson controla a los rapaces, Zee y las zarigüeyas idean un plan para recuperar a Buck. Ellie y los demás descubren que Crash y Eddie entraron en el Mundo Perdido y descubrieron la entrada. Se encuentran con Momma T que les dice que Crash y Eddie están en peligro. Zee y las zarigüeyas liberan a Buck y con la ayuda de los demás continúan luchando contra Orson y su ejército. Buck intenta explicarle a Orson que todo el mundo necesita vivir en paz, pero Orson no escucha y sigue luchando. Al descubrir que Orson controla a los raptores con el fuego, Crash y Eddie crean un fuego propio y evitan que los raptores luchen y salven el Mundo Perdido. Los raptores, enfadados con Orson, lo persiguen. Ellie y los demás se disculpan con Crash y Eddie y les piden que vuelvan a casa, pero Crash y Eddie expresan que quieren quedarse en el Mundo Perdido. Triste, Ellie les permite quedarse y se despiden, pero Crash y Eddie vienen a visitarlos a menudo.