El 31 de octubre de 1988, Michael Myers recibe un disparo y cae por el pozo de una mina de sal. El sheriff Ben Meeker, el grupo de linchamiento de los camioneros de Haddonfield y la policía estatal lanzan dinamita para acabar con él. Escapando a un arroyo cercano antes de que la dinamita explote, Michael tropieza con un anciano ermitaño que lo cuida hasta que cae en coma. Un año más tarde, el 30 de octubre de 1989, Michael despierta, apuñala al ermitaño hasta la muerte con su cuchillo y regresa a Haddonfield para encontrar de nuevo a su sobrina Jamie Lloyd, que evitó por poco ser asesinada por él el año anterior.

Jamie ha sido ingresada en la clínica infantil de Haddonfield tras haber atacado a su madre adoptiva. Jamie ha quedado muda debido a un trauma psicológico, sufre pesadillas y convulsiones y muestra signos de un vínculo telepático con su tío. El Dr. Sam Loomis se da cuenta del vínculo psíquico de Jamie con Michael e intenta convencer a Meeker de que Michael sigue vivo. Mientras tanto, Michael apuñala a Rachel, la hermana adoptiva de Jamie, hasta matarla y comienza a acechar a su amiga Tina. Michael mata a Mike, el novio de Tina, y luego se hace pasar por él usando una máscara que Tina le había dado a Mike anteriormente.

Más tarde esa noche, Tina y sus amigos Sam y Spitz van a una fiesta de Halloween en una granja. Sintiendo que Tina está en peligro, Jamie (habiendo recuperado parcialmente su capacidad de hablar) va a advertirla. Mientras Sam y Spitz tienen relaciones sexuales en el granero, Michael empala a Spitz con una horca y decapita a Sam con una guadaña. Tina encuentra los cuerpos y va a avisar a los policías cercanos, pero descubre que Michael ya los ha matado. Tina huye, pero Jamie y su amigo Billy Hill (un compañero de la clínica) llegan. Michael comienza a perseguir a Jamie en un coche pero se estrella contra un árbol. Michael sale del coche y Tina se sacrifica para que Jamie y Billy tengan tiempo de escapar. Llega Loomis, y Jamie finalmente acepta ayudarle a detener a Michael definitivamente.

Con la ayuda de Jamie, Loomis y Meeker han creado un montaje en la antigua casa de los Myers para atraerlo de nuevo a la casa abandonada de su infancia. De repente, la policía recibe una llamada diciendo que Michael ha irrumpido en la clínica, lo que hace que Meeker y la mayoría de los agentes se marchen; sin embargo, esta llamada no es más que una distracción. Michael aparece y mata al policía que está sentado en el coche patrulla en el exterior, antes de entrar en la casa. Loomis intenta razonar con él, pero Michael lo acuchilla y lo lanza por la barandilla de la escalera. Michael mata al ayudante Bloch que estaba protegiendo a Jamie antes de perseguirla por toda la casa. Jamie se esconde en un conducto de la lavandería pero se ve obligada a abandonarlo cuando Michael la apuñala y la hiere. Al huir al piso de arriba, Jamie encuentra los cuerpos del perro Max, Rachel y Mike en el ático. Michael encuentra a Jamie e intenta matarla, pero se detiene cuando Jamie se dirige a él como "tío" y se quita la máscara. Cuando Jamie le toca la cara, entra en un ataque de ira y la persigue de nuevo. Jamie baja las escaleras y encuentra a Loomis. Sin embargo, Loomis se ha vuelto loco y la utiliza como cebo para Michael, atrayéndolo a una trampa y disparándole con una pistola tranquilizante. Cuando esto no funciona, Loomis comienza a golpear a Michael hasta dejarlo inconsciente con una tabla de madera hasta que finalmente sufre un ataque y se desploma sobre Michael.

Meeker y el resto de la policía regresan poco después y Michael es detenido. Meeker le asegura a Jamie que Michael, que está encerrado en una celda, permanecerá en prisión hasta que muera; sin embargo, Jamie no le cree y comenta que Michael "nunca morirá". Uno de los agentes va a llevar a Jamie a casa cuando un misterioso hombre de negro, que ha estado buscando a Michael, llega y provoca una explosión en la comisaría. El oficial, al oír los disparos, se apresura a entrar después de advertir a Jamie que se quede con el coche. Cuando el oficial no regresa, Jamie vuelve a entrar para investigar y encuentra la comisaría destruida por la explosión, junto con Meeker y varios de sus hombres muertos. Jamie descubre la celda de Michael vacía y la puerta trasera de la comisaría rota, lo que hace que rompa a llorar al darse cuenta de que Michael es libre de nuevo para seguir aterrorizando a Haddonfield.