Jacob "Jake" Geismer (George Clooney), un corresponsal de guerra estadounidense de The New Republic, regresa a Berlín durante las negociaciones de Potsdam entre las potencias aliadas, una vez finalizada la Segunda Guerra Mundial en Europa (mayo de 1945) pero antes de que las hostilidades terminen en Asia (agosto de 1945). Jacob es testigo del asesinato de su chófer, un soldado norteamericano traficante de negros llamado Tully (Tobey Maguire), que es sacado de un remolino del río, sospechosamente adyacente a los terrenos de la conferencia de Potsdam. Se descubre que el cadáver está en posesión de 50.000 reichsmarks alemanes, que más tarde se revela que han sido impresos por las fuerzas de ocupación estadounidenses.

Geismer se ve envuelto en el misterio de su conductor asesinado y en la búsqueda clandestina del alemán desaparecido Emil Brandt (el personaje del título, interpretado por Christian Oliver) por parte de las fuerzas soviéticas y estadounidenses. Se ve envuelto en ambos misterios cuando su investigación se cruza con la búsqueda de Lena Brandt (Cate Blanchett), una judía -y esposa de Emil- con la que Geismer había mantenido una relación durante su primera etapa como periodista en Berlín. Lena ha sobrevivido al Holocausto haciendo "lo que tenía que hacer" para mantenerse con vida; al principio de la película se supone que esto es la prostitución, pero más tarde se revela que Lena (basada libremente en la colaboradora judía Stella Goldschlag[2][3]) fue cómplice en secreto de la deportación de sus compañeros judíos.

En la película, Emil Brandt es un antiguo oficial de las SS que había sido secretario de Franz Bettmann, ingeniero jefe de producción del cohete V-2 en el campo de concentración Mittelbau-Dora/Mittelwerk. (Bettmann es sólo un personaje menor en la película; parece estar basado en el verdadero Arthur Rudolph). Los soviéticos, los estadounidenses y los británicos intentan apoderarse de Emil Brandt, por diferentes motivos. Los estadounidenses ya han detenido a Bettmann en un piso franco y pretenden transportarlo a Estados Unidos como parte de su Operación Overcast/Paperclip para que trabaje en su propio programa de cohetes (véase Wernher von Braun). En la película, son plenamente conscientes del papel de Bettmann en el Campo Dora y conocen el trabajo esclavo utilizado en el programa V-2, pero quieren encubrir su participación (porque no podían emplear legalmente a un conocido criminal de guerra), lo que incluye eliminar a Emil Brandt, cuyo testimonio o notas escritas impedirían su encubrimiento de Bettmann.

Geismer, en sus intentos por sacar a su antigua amante, Lena, de Berlín, se involucra cada vez más en la búsqueda de Emil Brandt. En un momento dado, Lena entrega a Geismer las notas de Emil sobre el campo Dora. Cuando Lena y Geismer intentan entregar a Emil Brandt al fiscal americano encargado de los casos de crímenes de guerra, son interceptados por las autoridades americanas que quieren proteger a Bettmann, y Brandt es asesinado. Pero Geismer aún tiene los cuadernos de Brandt, que ahora intercambia con los investigadores de crímenes de guerra del ejército estadounidense (que han resultado estar aliados con las otras autoridades americanas, las que quieren mantener esas pruebas confidenciales para encubrir a Bettmann) a cambio de un Persilschein (un documento de desnazificación) y un visado para Lena, para que pueda salir de Alemania.

A través de un personaje secundario de un judío propietario de una casa de empeños que sobrevivió al Holocausto con las piernas amputadas, la película hace referencia a la experimentación humana nazi, en particular a los experimentos de trasplante de huesos que se realizaban en el campo de concentración de Ravensbrück.