En un búnker escondido bajo un bosque ruso, los científicos de la Iniciativa Samyaza llevan a cabo una bioinvestigación secreta para crear híbridos genéticos con ADN de humanos y un espécimen alienígena apodado Sujeto M. Una criatura se suelta, matando a todos los que están en las instalaciones e infectándolos con un virus que reanima a los humanos muertos como monstruos mutantes. Chloe, la única superviviente, emite un mensaje de socorro pidiendo su rescate y la recuperación de la investigación.

A pesar de las objeciones de su mujer embarazada, Jessica, James Beckett acepta una misión de Operaciones Especiales para rescatar a Chloe con su amigo y compañero mercenario Junior Marshall. Mientras la ex novia de Marshall, Rachel, se une al Equipo Alfa en un extremo de las instalaciones, Beckett y Marshall se unen a Moses y Preacher del Equipo Bravo en el otro extremo. Ambas unidades tienen instrucciones de extraer a Chloe sin llamar la atención de Olek Volkov, que lidera un asalto separado al búnker con una milicia rusa hostil y su secuaz Jonah Petrov.

Al entrar en el búnker, el Equipo Alfa se encuentra con un humano mutado. Rachel resulta gravemente herida. Sus compañeros mueren.

El equipo Bravo se enfrenta a los hombres de Olek en el bosque. Marshall mata a Jacob, el hermano de Jonah. Moisés muere. Olek y Jonah capturan a Preacher. Beckett y Marshall escapan del tiroteo saltando desde un acantilado al agua.

Beckett y Marshall consiguen entrar en el laboratorio subterráneo. Beckett compara la investigación del laboratorio con la leyenda bíblica de los Nephilim después de que los archivos informáticos revelen que los científicos estaban criando seres con ADN alienígena.

Beckett y Marshall encuentran a Chloe y se defienden de la criatura. Chloe cuenta cómo los científicos del laboratorio extrajeron originalmente la sangre del Sujeto M para crear un híbrido genético llamado Adam hace 30 años. Chloe afirma que Olek era el encargado de custodiar a Adam, pero que supuestamente mató a Adam y soltó a la criatura en un intento de robar la investigación para sí mismo.

Uno de los hombres de Olek intenta detener a Beckett, Marshall y Chloe a punta de pistola. La criatura lo mata.

Beckett, Marshall y Chloe encuentran a Rachel herida. Al reconocer que está a punto de transformarse en un monstruo, Chloe mata a Rachel, lo que molesta mucho a Marshall.

La criatura vuelve a atacar. Beckett y Chloe se atrincheran en la enfermería. Mientras Marshall se esconde en la morgue, un cuerpo no muerto le muerde antes de que pueda apuñalarlo en la cabeza.

Jonah se venga de la muerte de su hermano capturando a Marshall. Mientras está atado a una mesa, la herida infectada de la mordedura de Marshall le hace ver un flashback de la mente de la colmena. La visión muestra a Marshall que Chloe era en realidad el híbrido genético creado en cautividad hace 30 años, y que liberó a la criatura en un intento de escapar de las instalaciones mientras Olek intentaba detenerla. Después de que Marshall se entere de la verdad, la criatura mata a Jonah.

Beckett se da cuenta de que Chloe está embarazada. Chloe confiesa que es Adam y admite que orquestó la fuga de la criatura para poder matar a sus captores y escapar con su hijo nonato.

La criatura captura a Beckett. Tras escapar de sus ataduras, Marshall entra y obliga al monstruo a liberar a Beckett amenazando con disparar a Chloe. Beckett recupera un lanzallamas que utiliza para quemar a la criatura hasta la muerte.

Chloe escapa al exterior donde se encuentra con Olek. Afirmando que nunca quiso herirlo, Chloe se disculpa con Beckett, pero luego saca un cuchillo y lo apuñala. Olek apuñala a Chloe en represalia. Ambos caen al suelo del bosque.

Beckett y Marshall consiguen salir y encuentran a Chloe en el suelo. De repente, Chloe ataca a ambos hombres con su cuchillo. Se produce una pelea física hasta que Beckett y Marshall matan a Chloe.

Marshall sigue mutando por su herida de mordedura. Beckett deja a Marshall para que se derrumbe.

Beckett llama a su mujer. Sin embargo, antes de que pueda decir una palabra, Beckett se derrumba por las heridas sufridas en su pelea con Chloe. Cuando un equipo de extracción llega más tarde, Beckett muta en un monstruo y ataca.