En la dimensión de superhéroes de DC del multiverso Lego, Batman protege Gotham City y lucha contra el crimen. Durante su última misión para impedir que el Joker y otros supervillanos de Gotham destruyan la ciudad, Batman hiere los sentimientos del Joker al decirle que no es tan importante en su vida como cree, lo que lleva al Joker a buscar la venganza definitiva contra él.

Al día siguiente, el alter ego de Batman, Bruce Wayne, asiste a la gala de invierno de la ciudad, en la que se celebra tanto la jubilación del comisario Gordon como el ascenso de su hija Barbara como nueva comisaria de policía de la ciudad, sólo para enfurecerse por los planes de Barbara de reestructurar la policía para que funcione sin la necesidad de Batman. Joker irrumpe en la fiesta con los demás villanos de la ciudad, todos los cuales se rinden excepto Harley Quinn, que desaparece durante la confusión.

Sabiendo que Joker no está tramando nada bueno, Batman planea robar el proyector de la Zona Fantasma de Superman, un dispositivo que puede desterrar a cualquiera a la Zona Fantasma, que alberga a algunos de los villanos más peligrosos del multiverso de Lego, sólo para que Alfred intervenga y le aconseje que cuide de Dick Grayson, a quien Bruce adoptó como hijo sin saberlo durante la gala anterior. A regañadientes, Batman acepta hacerlo y adopta a Dick como Robin, tras lo cual la pareja recupera con éxito el proyector de la Fortaleza de la Soledad e irrumpe en el Asilo Arkham para enviar al Joker a la Zona Fantasma. Sospechando que el Joker quería ser enviado allí, Barbara encierra a Batman y Robin.

Mientras el proyector es incautado como prueba, Harley lo roba de nuevo como parte del plan de Joker, y lo libera, permitiéndole volver a Gotham con todos los villanos que había reclutado en la Zona Fantasma. Al darse cuenta de que la ciudad le necesita después de todo, Bárbara libera a Batman y Robin y se une a ellos y a Alfred para detener la nueva amenaza.

Aunque Batman se siente capaz de confiar y apoyarse en su nuevo equipo al llegar a la Isla Wayne, opta por enviarlos lejos, temiendo perderlos al igual que a sus padres. Al enfrentarse a él a solas, el Joker cree que Batman es incapaz de cambiar su forma de ser y lo envía a la Zona Fantasma antes de robar el alijo de bombas confiscadas en la Batcueva para destruir Gotham City. Al llegar a la Zona Fantasma, Batman es testigo del daño que su arrogancia ha causado a todos y acepta su mayor temor: formar parte de una nueva familia. Haciendo un trato con la guardiana de la Zona, Phyllis, para que le permita volver a Gotham y recuperar a los prisioneros fugados de la Zona, Batman llega a tiempo para salvar a sus compañeros, disculpándose con ellos por haberlos abandonado y solicitando su ayuda para detener a Joker.

Con la ayuda de los demás villanos de Gotham, que se sintieron abandonados por el Joker cuando éste se negó a sacarlos de Arkham, Batman y su equipo derrotan a los villanos fugados y los devuelven a la Zona Fantasma. Sin embargo, no consiguen evitar que las bombas del Joker estallen, y la explosión empieza a destrozar la ciudad por las placas que hay debajo. Batman convence a Joker para que le ayude diciéndole que le da un propósito para ser el héroe que es, y con la ayuda de todos los civiles y villanos, consiguen salvar Gotham, uniéndose en cadena para volver a montar las placas.

Con la ciudad salvada, Batman se prepara para ser llevado de nuevo a la Zona Fantasma para afrontar las consecuencias de su comportamiento, sólo para ser rechazado por Phyllis, que opta por dejarle permanecer tras darse cuenta de que es un héroe y ver lo mucho que había cambiado para salvar a todos. Después, Batman da ventaja a Joker y a los demás villanos para evitar su captura, sabiendo que no serán rivales para la nueva Bat-familia.