Doscientos años después de los acontecimientos de Alien 3, los científicos de United Systems Military en la nave espacial USM Auriga crean un clon de Ellen Ripley, designado Ripley 8, utilizando el ADN de las muestras de sangre tomadas antes de su muerte. El ADN de la reina xenomorfa ha sido combinado con el de Ripley, por lo que el clon crece con un embrión en su interior. Los científicos extraen el embrión, lo crían y recogen sus huevos mientras mantienen viva a Ripley 8 para su posterior estudio. Como resultado del ADN de los Xenomorfos en su interior, el clon tiene fuerza y reflejos mejorados, sangre algo ácida y un vínculo psíquico con los Xenomorfos. Además, la memoria genética del Xenomorfo permite al clon tener algunos de los recuerdos de Ripley.

Un grupo de mercenarios formado por Elgyn, Johner, Christie, Vriess, Hillard y Call llega a Auriga en su nave Betty. Entregan a varios humanos secuestrados en éxtasis. Los científicos militares utilizan a los humanos como huéspedes para los alienígenas, criando varios Xenomorfos adultos para su estudio.

La tripulación del Betty pronto se encuentra con Ripley 8. Annalee Call reconoce su nombre e intenta matarla, sospechando que Ripley 8 puede ser utilizada para crear Xenomorfos, pero las criaturas ya han sido clonadas. Los Xenomorfos ya maduros, conscientes de las propiedades ácidas de su sangre por la mencionada memoria genética, escapan del confinamiento matando a uno de los suyos para utilizar su sangre ácida para quemar sus recintos. Luego capturan al Dr. Jonathan Gediman y matan a un segundo científico. Dañan la Auriga y matan a la mayoría de la tripulación que no ha podido evacuar, incluidos el general Pérez y Elgyn. Otro miembro de la tripulación es capturado y encerrado en un capullo para ser transformado en huevo. El científico militar Dr. Wren revela que el comando por defecto de la nave en caso de emergencia es regresar a la Tierra. Al darse cuenta de que esto desatará a los Xenomorfos en la Tierra, Ripley 8, los mercenarios, Wren, un soldado llamado Distephano y el anfitrión xenomorfo superviviente Purvis, deciden dirigirse a la Betty y utilizarla para destruir la Auriga. Por el camino, Ripley 8 descubre un laboratorio que contiene los grotescos resultados de los siete intentos fallidos anteriores de clonar a Ellen Ripley. La superviviente suplica a Ripley 8 que le aplique la eutanasia; ella accede y luego incinera el laboratorio y su contenido.

Mientras el grupo se abre paso por la nave dañada, nadan a través de una cocina inundada. Son perseguidos por dos Xenomorfos. Uno es asesinado, mientras que el otro se lleva a Hillard. Mientras escapan de la cocina, el Xenomorfo vuelve y ciega a Christie, que se sacrifica para matar al Xenomorfo, para que los demás puedan escapar. Después de que Wren traicione al grupo, Call se revela como un auton, una versión mejorada de un humano creada por los sintéticos. Utilizando su habilidad para interactuar con los sistemas del Auriga, Call lo pone en rumbo de colisión con la Tierra, con la esperanza de destruir a los Xenomorfos en el choque. Corta la ruta de escape de Wren y dirige a los Xenomorfos hacia él. Ripley 8 es capturada por un Xenomorfo, mientras los demás se dirigen a la Betty. Wren, que ya está a bordo, dispara a Purvis, toma a Call como rehén y le exige que aborte la colisión. Un Purvis herido ataca a Wren y le obliga a llevarse la cabeza al pecho justo cuando el embrión del Xenomorfo que lleva consigo le atraviesa la caja torácica, haciendo que atraviese también la cabeza de Wren, matándolos a ambos. Los supervivientes disparan y matan al Xenomorfo juvenil.

Ripley es llevada al nido alienígena, donde encuentra a Gediman, aún vivo y parcialmente envuelto en un capullo. La Reina Alienígena, habiendo desarrollado un útero como resultado de su contaminación genética con Ripley 8, da a luz a un Xenomorfo con rasgos abiertamente humanos. Al no poder vincularse con la Reina, el Xenomorfo híbrido reconoce a Ripley 8 como su madre, por lo que mata a la Reina Alienígena y a Gediman. Ripley 8 aprovecha la distracción para escapar y se dirige al Betty.

La tripulación del Betty lucha por despegar, lo que da a Ripley 8 el tiempo suficiente para alcanzar la nave y saltar a ella. Mientras siguen luchando, el híbrido sube a bordo, sin que la tripulación lo sepa. El Betty no puede despegar porque el ordenador dice que la escotilla sigue abierta, Call va a cerrar la escotilla. Cuando intenta cerrar la escotilla se topa con el híbrido, que cierra la escotilla mientras ella corre y se esconde. Distephano va a comprobarlo y es asesinado por el híbrido. Ripley 8 va a verlos y se topa con el híbrido, ella salva a Call distrayendo al híbrido. Usando su sangre ácida, Ripley 8 funde un agujero en una ventana y empuja al híbrido hacia ella. La descompresión hace volar violentamente a la criatura a través del agujero y hacia el espacio, matándola mientras Ripley 8 la observa con lágrimas en los ojos.

La cuenta atrás de la Auriga continúa mientras los supervivientes escapan en el Betty. El Auriga choca con la Tierra, provocando una gran explosión. Mientras miran a la Tierra, Call pregunta qué quiere hacer Ripley 8 a continuación. "No lo sé. Yo misma soy una extraña aquí", responde ella.